这一季也是《迷失》的最后一季。第六季同样是跟随两个时间线，两条时间线在第五季结尾核弹爆炸后出现。第一条时间线，称为“闪边世界”，海洋航空815航班没有坠毁于小岛上。第二条时间线，是原来的时间线，在核弹爆炸后，生存者们时空转…

故事从一位职业医生Jack的视角展开，主要讲述一架客机坠落在太平洋的孤岛上，共48名乘客侥幸生还。起初，人们庆幸生还，臺灣電影網期盼救援部队的到来，他们慢慢发现这个小岛，似乎曾经来过和他们一样的人们，他们的求救信号已经不停的播…